腸内の細菌は、人体に良い作用をもたらす「善玉菌」、悪い作用をもたらす「悪玉菌」、体調によってどちらにもなりうる「日和見菌」で構成されています。それぞれの数や割合は人によって異なり、また同じ人でもストレスや食生活、加齢、服薬などで変化します。
悪玉菌には大腸菌、クレブシエラ、ウェルシュ菌などがありますが、タンパク質を腐敗させて有害物質を発生させるため様々な病気の原因となります。
善玉菌といえば乳酸菌が代表的で、その中にはビフィズス菌や乳酸桿菌などが含まれます。乳酸菌は糖類から乳酸などを生成し腸内を酸性にすることで悪玉菌の増殖を抑え、また、悪玉菌が発生させた有害物質を中和します。