通常、摂取した食べ物を消化吸収するためには上記のような消化酵素が不可欠ですが、ストレスや感染、加齢、体調などの影響で消化酵素の分泌が低下すると消化不良の状態になります。
その結果、未消化の食べ物が悪玉菌によって腸内で異常発酵し有害物質を発生したり、分子量の大きいペプチドが腸粘膜から侵入してアレルギー反応を起こ炎症状態を来したりして、腸内環境が悪化します。また、腸壁を通過して血中にのった有害物質やペプチドなどが全身を巡り皮膚や臓器に悪い影響を及ぼします。それを防ぐためにも消化酵素の十分な補充が必要です。
ただし、消化酵素が食物の成分を完全に分解できるとは限らないので、遅延型の食物アレルギーやグルテン、カゼインなどLGSの問題がある場合は、問題となる食べ物を最初から除去することが1番重要です。