消化酵素の原料には動物由来のものと植物由来のものがありますが、動物由来のものは胃での強い酸性環境に耐えることが出来ないものが多いので、植物由来のものがお勧めです。
3大栄養素(タンパク質、脂質、炭水化物)は、前記のように、それぞれ特異的な消化酵素によって分解されるため、3種類すべて含むものが良いです。特にタンパク質の消化は重要なので複数種類のプロテアーゼを含むものが良いです。
また、消化酵素は、その種類によって活性が高まる最適なpH値(酸性〜アルカリ性の度合いを示す値)が異なります。アミラーゼはpH値:6.5、リパーゼはpH値:5.0〜7.5の環境下で最も活性が高いです。胃の強い酸性下でも、弱酸性の腸でも作用が減弱しない幅広い範囲のpH値に適合するものが良いです。